Die rohe Rote Bete schälen und mit einem Gemüsehobel in sehr feine, gleichmäßige Scheiben schneiden. Die Scheiben in einer Schüssel leicht salzen und pfeffern.
Für die cremige Meerrettich-Sauce die Butter in einem Topf bei mittlerer Hitze schmelzen. Das Mehl einrühren und unter ständigem Rühren mit dem Schneebesen für 2 Minuten hell anschwitzen.
Die Vollmilch nach und nach in einem dünnen Strahl zugießen. Dabei kräftig weiterrühren, um Klümpchenbildung zu vermeiden. Die Sauce aufkochen und bei schwacher Hitze 5 Minuten sanft köcheln lassen, bis sie cremig eindickt.
Den Topf vom Herd nehmen. Den Meerrettich, die Hälfte des geriebenen Bergkäses, Thymian, Muskatnuss sowie Salz und Pfeffer unter die Sauce rühren. Die Creme kräftig abschmecken, da die Rote Bete später viel Würze aufnimmt.
Den Backofen auf 180 Grad Celsius (Ober-/Unterhitze) vorheizen. Den Boden der Auflaufform mit einer dünnen Schicht der Meerrettich-Creme bestreichen.
Abwechselnd Lasagneplatten, Rote-Bete-Scheiben und Meerrettich-Creme in die Form schichten. Mit einer Schicht Rote Bete abschließen und die restliche Sauce gleichmäßig darüber verteilen.
Den restlichen Bergkäse großzügig über die Lasagne streuen. Die Auflaufform im vorgeheizten Ofen für etwa 45 Minuten backen, bis die Oberfläche knusprig goldbraun und die Rote Bete weich gegart ist. Vor dem Anschneiden 10 Minuten ruhen lassen.