Vorbereitung: Den Backofen auf 200 °C Ober-/Unterhitze vorheizen. Die Kartoffeln schälen, waschen und in grobe Würfel schneiden. Die Zwiebel und den Knoblauch fein hacken. Die Karotten schälen und in kleine Würfel schneiden.
Kartoffeln kochen: Die Kartoffelwürfel in einen großen Topf geben, mit kaltem Salzwasser bedecken und zum Kochen bringen. Etwa 15-20 Minuten kochen lassen, bis sie sehr weich sind. Anschließend das Wasser vollständig abgießen.
Linsenfüllung ansetzen: Während die Kartoffeln kochen, 2 EL Olivenöl in einer tiefen Pfanne oder einem Schmortopf bei mittlerer Hitze erhitzen. Die gehackte Zwiebel und die Karottenwürfel darin ca. 5-7 Minuten andünsten, bis sie weich werden. Den gehackten Knoblauch hinzufügen und eine weitere Minute mitdünsten.
Füllung fertigstellen: Das Tomatenmark in die Pfanne geben und unter Rühren 1-2 Minuten anrösten, um die Aromen zu intensivieren. Die abgespülten Linsen, die heiße Gemüsebrühe und den getrockneten Thymian hinzufügen. Alles gut vermischen, aufkochen lassen und dann die Hitze reduzieren. Die Füllung zugedeckt ca. 25-30 Minuten köcheln lassen, bis die Linsen gar sind und die Flüssigkeit größtenteils aufgesogen ist. Mit Salz und frisch gemahlenem schwarzem Pfeffer kräftig abschmecken.
Kartoffelpüree zubereiten: Die abgegossenen, heißen Kartoffeln mit einem Kartoffelstampfer zerdrücken. Die Butter und die lauwarme Milch hinzufügen und alles zu einem cremigen Püree verrühren. Mit Salz, Pfeffer und einer Prise frisch geriebener Muskatnuss abschmecken.
Shepherd's Pie zusammensetzen: Die fertige Linsenfüllung gleichmäßig in der Auflaufform verteilen. Das Kartoffelpüree daraufgeben und mit einem Löffel oder einer Palette glattstreichen. Mit einer Gabel ein wellenartiges Muster in die Oberfläche ziehen – die entstehenden Spitzen werden im Ofen besonders knusprig.
Backen und Servieren: Die Auflaufform in den vorgeheizten Ofen stellen und den Shepherd's Pie für 20-25 Minuten backen, bis die Füllung an den Rändern blubbert und die Kartoffelhaube goldbraune Spitzen hat. Vor dem Servieren 5-10 Minuten ruhen lassen.