Zuerst die Zwiebeln schälen und in feine Ringe schneiden oder hobeln. Die Zwiebelringe in einer Schüssel mit zwei Esslöffeln Mehl bestäuben und gut vermengen, damit sie beim Braten besonders kross werden.
In einer Pfanne das Pflanzenöl erhitzen. Die bemehlten Zwiebelringe bei mittlerer Hitze unter gelegentlichem Wenden langsam goldbraun und knusprig ausbacken. Anschließend auf Küchenpapier abtropfen lassen und beiseite stellen.
Für den Spätzleteig das Mehl, die Eier, das lauwarme Wasser und einen Teelöffel Salz in die Rührschüssel geben. Mit dem Lochlöffel (oder einem Handrührgerät mit Knethaken) so lange kräftig schlagen, bis der Teig Blasen wirft und zäh reißend vom Löffel fällt. Den Teig etwa 10 Minuten ruhen lassen.
Einen großen Topf mit reichlich reichlich gesalzenem Wasser zum Kochen bringen. Den Backofen auf 80 °C Ober-/Unterhitze vorheizen, um die fertigen Portionen warmzuhalten. Eine Gusseisenpfanne oder Auflaufform bereitstellen.
Den Spätzleteig portionsweise mit dem Spätzlehobel in das kochende Salzwasser geben. Sobald die Spätzle an der Oberfläche schwimmen, mit dem Schaumlöffel herausheben und gut abtropfen lassen.
Die abgetropften, heißen Spätzle direkt schichtweise in die warme Pfanne oder Auflaufform geben. Jede Schicht sofort mit einer großzügigen Handvoll der geriebenen Käsemischung (Bergkäse und Emmentaler) bestreuen und ein paar Flöckchen Butter darauf verteilen. Die Form im Ofen warmhalten, während die restlichen Spätzle gekocht werden.
Zum Schluss die Käsespätzle noch einmal vorsichtig durchmengen, damit sich der geschmolzene Käse gleichmäßig verteilt. Mit den knusprigen Röstzwiebeln bedecken und mit den feinen Schnittlauchröllchen bestreut servieren.